Awal pemberian nama dari RSUD menjadi RSUD RA. Kartini Kabupaten Jepara adalah untuk mengenang jasa Pahlawan Nasional Wanita asal Jepara Raden Ajeng Kartini sekaligus meneruskan perjuangannya Rumah Sakit Umum Daerah RA. Kartini Kabupaten Jepara adalah Rumah Sakit Umum Daerah tipe B Pendidikan ditetapkan dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor : HK.01.07/MENKES/436/2019 tanggal 08 Mei 2019.

RSUD RA. Kartini Kabupaten Jepara didirikan dengan Peraturan Daerah Kabupaten Jepara Nomor 10 Tahun 2008, kemudian diperbaharui dengan Peraturan Daerah Kabupaten Jepara Nomor 3 Tahun 2022 Tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Nomor 14 Tahun 2016 Tentang Pembentukan Dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Jepara dan Peraturan Bupati Jepara Nomor 7 Tahun 2019 tentang Pola Tata Kelola Rumah Sakit Umum daerah RA. Kartini Kabupaten Jepara. Status BLUD RSUD RA. Kartini Kabupaten Jepara ditetapkan berdasarkan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 61 Tahun 2007 tentang Pedoman Teknis Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah, serta dengan Surat Keputusan Bupati Jepara Nomor 267 Tahun 2008 tanggal 31 Desember 2008 tentang Penetapan RSU Kartini Jepara sebagai Satuan Kerja Perangkat Daerah yang menerapkan pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD).