Kutai Timur adalah Kabupaten pemekaran dari Kabupaten Kutai Kartanegara pada tahun 1999. Sebagai Kabupaten baru, Kutai Timur berbenah dalam hal pelayanan kepada masyarakat. Salah satunya menyediakan layanan kesehatan dengan mendirikan pusat layanan kesehatan masyarakat (PUSKESMAS) Plus Rawat Inap yang diresmikan pertama kali oleh Bupati Kutai Timur pada tanggal 11 Oktober 2002, kemudian pada tahun 2003, terbit SK Bupati Kutai Timur No : 334/02.118.45/HK/VIII/2003 tentang Penetapan status PUSKESMAS RAWAT INAP KECAMATAN SANGATTA menjadi RSU TIPE C SANGATTA KABUPATEN KUTAI TIMUR yang kemudian dikukuhkan oleh SK. Menteri Kesehatan No : 407/MESKES/SK/III/2004 tanggal 25 Maret 2004 menjadi RUMAH SAKIT UMUM DAERAH SANGATTA. Pada tanggal 17 Maret 2015 Rumah Sakit Umum Daerah Sangatta berubah nama menjadi RUMAH SAKIT UMUM DAERAH KUDUNGGA yang diresmikan langsung oleh Bupati Kutai Timur Bapak H. Isran Noor, berdasarkan SK Bupati Kutai Timur No : 445/K.92/2015. Pada tahun 2015 RSUD Sangatta berubah tipe dari Tipe C ke Tipe B berdasarkan keputusan Menteri Kesehatan No : HK.02.03/I/0552/2015.